C’est le personnage emblématique de la saga, c’est le premier personnage qui nous vient a l’esprit lorsque l’on évoque Game of Thrones. C’est la fille du roi Aerys II Targaryen dit « le roi fou » et de la reine Rhaella Targaryen. Son père, atteint de folie, fut démunis de son trône par Robert Baratheon, la princesse Daenerys et son frère aîné, le prince Viserys, ont dû fuir dans les Cités libres à Essos, le continent à l'est de Westeros. Son frère aveuglé par sa soif de pouvoir et de richesses vend sa sœur à un khal et s’en attire les foudres par la suite. Il se fera exécuter sous les yeux de sa sœur en étant couvert d’or liquide par la main du khal. Par la suite lors des dernières saisons, on apprendra que Jon snow (un membre de la famille Stark) est en réalité l’héritier légitime de la famille Targaryen. Elle possède 3 dragons et a la capacité de résister au feu. Suite à la mort du khal, elle reprend le commandement de son armée et essaye de se procurer des navires et d’agrandir son armée afin de reconquérir le trône. Au cours de son avancée, elle va se fixer un nouvel objectif, abolir l’esclavage et tuer tous ceux qui le pratiquent. Elle rencontre Jon Snow qui après de multiples événements est le Roi du Nord, Jon espère s'allier avec elle pour combattre le Roi de la Nuit et ses Marcheurs Blancs (une horde de mort-vivant venant du nord, au-delà de Westeros). Par la suite, lors d’une mission de sauvetage menée par Daenerys, un de ces dragons sera tué par le chef des mort-vivants grâce à un javelot de glace.